然后是小西行长，他也第一时间趁乱消失了，还放一把火，把自己在石山附近的临时居所少毁掉。很多人想找他对质，问一问到底是怎么回事，但都慢了一步，到的时候已经是人去楼空，徒见烟火。

荒木村重、别所长治等不知道是被裹挟还是主动参与叛乱的大名，亦随之不知所踪。摄津、播磨、纪伊、四国等地域广大信仰一向宗的武士和农民失去了指挥，或是自相残杀，或是落草为寇，不再可称之为军队。

本愿寺教如倒是个内外如一，刚直不屈的性子，仍要“与寺偕亡”，既不肯逃跑，也不愿投降。不过坊官下间赖廉却接受了显如的暗中调略，反戈将教如绑缚出城请降，以期获取宽宥。

听闻此事之后，纱织也带病为这个狂妄的兄长求情。于是看在二老以及她的面子上，留下了一条性命，吩咐带到琉球，与足利义昭作伴。

结果石山就此平定。只剩下柴田胜家领着一万多各地来的乌合之众坚持作战。他们大概是深恨平手家而且没有退路的亡命之徒了。这些人又继续抵抗了十余日，最终在越水城全体覆没。上层将领学着当年的松永久秀炸毁天守自杀，尸骨无法辨认。

一片血海和废墟当中，战事了结。

接下来平手汎秀立即派人传递书信，以严厉的口吻，怒斥了毛利、岛津、武田等诸侯动作缓慢，剿匪不力的罪过。

这反倒让他们纷纷安下心来，诚惶诚恐地积极反省。

因为将军大人的言下之意也就是止步于此，不会再往下追究勾结石山逆贼，暗中提供援助的事情。

西国各地旋即传檄而定。

……

《寺社诸法度》终于可以通过了。

一向宗在石山、长岛、加贺三处的领地都被没收，总本山搬到京都的山科本愿寺，但仍然让各地寺院按照等级掌握一百石到两千石不等的地产来维持日常运营，允许他们同其他宗派一样正常传教，只是不得组建武装，干涉行政而已。

“僧俗分离”最大的障碍就此除去。

见到本愿寺一向宗的下场，早受过打击的比叡山天台宗自然不敢抵抗，高野山的真言宗和奈良的法相宗也是识时务，知大体地接受了改革。

纪伊津田氏与大和筒井氏这两家坊官，作为普通的外藩转封到九州筑后和关东上总，而根来寺与兴福寺老老实实干回宗教本行，不再兼有世俗武士身份。

针对各地外藩在变乱中的表现，幕府进行了一轮大规模的赏罚——主要是罚，从表现不佳的诸侯那里榨出了一百六十万石领地，加上前面战争中获得那些，总计收获在三百万石以上。

主要包括岛津转封奥羽，与伊达、葛西、户泽进行交换。毛利家的长门一国被剥夺，授予吉川广家独立为藩，织田信忠失去了尾张上四郡，只得到飞驒作为补偿……这些都被认为是作战不力或者态度存疑的大名。