希腊军队将所有死者安葬后，开始着手建筑坚固的营寨。他们把战船一个个拖上岸，在西革翁山和洛忒翁山间的海岸边摆开，构成一道长长的营垒。然后在面对特洛伊的这一边修建起土墙，又挖掘了壕沟，建起防御工事。而阿喀琉斯与大埃阿斯的营帐设在营寨两头，以便能够时刻监视敌军，来防止特洛伊军队的偷袭。阿伽门农被希腊人选为联军统帅，他豪华的中军大帐耸立在营寨中央。阿伽门农的营帐旁，有一块空地用来召开公民大会。足智多谋的奥德修斯也把自己的大帐设在了公民大会广场之旁，方便能够随时出席公民大会，全面了解军营内所发生的一切重大事情。虽然他当初并不愿意参加这次远征，但是现在他仍然成了特洛伊人的敌人。因此他也希望希腊军队无论如何都要攻克特洛伊城，摧毁整个特洛伊。
希腊人修建加固了营寨后，就派墨涅拉俄斯国王与足智多谋的奥德修斯一起去和特洛伊人谈判。明理的安忒诺耳将这两个人请到自己家中，并热情接待，并且为他们设下了丰盛的宴席。安忒诺耳是真心赞成双方能够和平解决的，他愿意满足墨涅拉俄斯的两项合理要求，签订和约。特洛伊国王普里阿摩斯一听到希腊联军的使者到来，立即准备召开公民大会，想要答应墨涅拉俄斯的要求。这次公民大会上墨涅拉俄斯与奥德修斯也有出席。墨涅拉俄斯在会上做了简短而有力的发言，说明了自己的合理要求，要求特洛伊人将他妻子海伦以及被帕里斯窃去的珍宝归还。继墨涅拉俄斯之后，奥德修斯也做出了发言。这位足智多谋的伊塔刻岛国王那些鞭辟入里的语言，令特洛伊人各个都深受感动。他用生动的语言劝说特洛伊人满足墨涅拉俄斯提出的合理要求。于是，特洛伊人民便在公民大会上做出决定，准备接受墨涅拉俄斯提出的条件。如今，就连美丽的海伦也为自己当初的轻浮感到后悔，感到自己实在不应该为了帕里斯就离开丈夫墨涅拉俄斯和自己的家。安忒诺耳也劝说大家满足墨涅拉俄斯提出的要求。他很清楚，如果特洛伊人和希腊人间发生战争，那将会带来无数灾难。然而普里阿摩斯的几个儿子，特别是帕里斯，不愿与希腊人缔结和约。他不愿交出海伦！不要交出那些掳来的珍宝！他不服从公民大会的决定，而他的兄弟也站在他这一边。帕里斯收买了安提玛科斯，因此安提玛科斯要求特洛伊人把墨涅拉俄斯绑起来，斩首示众。然而普里阿摩斯与赫克托耳驳回了这个荒唐的想法，他俩不允许人们伤害这些受雷神宙斯庇护的使臣。公民大会上的意见始终无法统一。
就在这时，特洛伊城的祭司、普里阿摩斯之子赫勒诺斯站了出来，他让特洛伊人不必害怕和希腊人发生战争，众神早已答应了要帮助特洛伊人。特洛伊人在赫勒诺斯的煽动下，拒绝了墨涅拉俄斯提出的要求。希腊使节一无所获地从特洛伊城离开了。事到如今，特洛伊人和希腊人之间的战争一触即发，一场血腥厮杀不可避免了。
最先，特洛伊人坚守着易守难攻的特洛伊城，一步不出，就连大英雄赫克托耳也不出城应战。在城下，是团团包围的希腊军队，他们先后发动了三次强攻，但一次也没成功。于是，希腊大军开始从扫清特洛伊城的外围着手，水陆并进，对所有与特洛伊结盟的城邦先予讨伐，将它们都攻占了。在这些征讨作战中表现最突出、最英勇善战的是阿喀琉斯。忒涅多斯岛、勒斯玻斯岛以及珀达索斯和吕耳涅索斯等城邦都先后被希腊军队攻占了。特洛伊境内的许多其他城市也被希腊军队摧毁了，赫克托耳的岳丈厄斯提翁所统治的忒拜城也被占领了。安德洛玛刻的七个兄弟在一天之内都被阿喀琉斯斩杀了，国王厄斯提翁也战死了。阿喀琉斯并没有侮辱厄斯提翁的尸体，他怕招来众神的愤怒，把厄斯提翁的尸体好好安葬了。而安德洛玛刻的母亲成了俘虏，被希腊人带回营寨。阿喀琉斯从忒拜城内缴获了大量的战利品。包括阿波罗的祭司克律塞斯那美丽的女儿克律塞伊斯也被俘虏了，希腊将士把这个女孩儿分给了阿伽门农。
特洛伊城的四周都被希腊军队扫平了，特洛伊城成了一座孤城。特洛伊城内的人都不敢出城，一出城就有被杀死或俘获，或者被卖为奴隶的可能。
特洛伊城被围了整整九年，城里的居民在这期间受尽了苦难。无数英雄在此期间阵亡，城里的居民为此时常哀哭。但他们没有料到，最艰难的第十年即将到来，最大的苦难就要出现了，特洛伊即将沦陷。
经过九年的苦战，希腊军队也历尽艰辛，很多英雄都死在了敌人手中。连聪明超群的英雄帕拉墨得斯也命丧黄泉，但是他并非死于敌人之手。而是被智谋多端的奥德修斯在仇恨和嫉妒中害死了。帕拉墨得斯给希腊军队提出了很多高明的建议，不止一次给希腊军队提供了可贵的帮助。他寻找草药，为希腊将士们医治伤病，他还建立了灯塔，让出征作战的水军能够在漆黑的深夜也能顺利返回港口。帕拉墨得斯在希腊将士中深受敬重，将士们对他的建议言听计从。但是就因为如此，奥德修斯对他产生了憎恨。奥德修斯发现，希腊将士对帕拉墨得斯的信任和敬佩，远远超过信服他奥德修斯。更何况，奥德修斯当初为逃避加入征讨特洛伊的队伍而装疯卖傻时，也是帕拉墨得斯将他的诡计揭穿的。每次想到这里，他都会对帕拉墨得斯产生更加强烈的仇恨。因此，长久以来奥德修斯都处心积虑地想要谋害帕拉墨得斯。终于，他找到了一个机会。这时，帕拉墨得斯向希腊联军建议暂时终止战争，回到故乡。奥德修斯便利用这个机会，想出了一个非常阴险的计划。他趁着黑夜，把一袋金子悄悄塞进了帕拉墨得斯的营帐里，然后散布谣言说，帕拉墨得斯之所以建议希腊军队停止围攻特洛伊，不是无缘无故的，他出这种主意是因为早就被普里阿摩斯收买了。另外，希腊联军中也有一些人对帕拉墨得斯感到不满。在他们看来，要是听了帕拉墨得斯的建议停止攻城，那他们就会失去攻克特洛伊城后夺取大量战利品的机会。因此这些人乐于相信奥德修斯给帕拉墨得斯制造的谣言。看到越来越多的人逐渐相信帕拉墨得斯已经叛变，奥德修斯又散布了另一个谣言，以便让众人更加深信帕拉墨得斯确已被普里阿摩斯收买。然后他向阿伽门农报告，说一个佛律癸亚籍的俘虏是帕拉墨得斯和普里阿摩斯之间的联络员，而这个佛律癸亚人刚离开希腊人的军营要去特洛伊的时候，就被奥德修斯手下的士兵抓获，并处死了。原来，奥德修斯曾经假托普里阿摩斯的名义写了一封信给帕拉墨得斯，信里说到，普里阿摩斯把那袋金子作为送给帕拉墨得斯的礼物，就是他劝说希腊军队停止围攻特洛伊、撤回故乡的酬劳。奥德修斯把这封信给了佛律癸亚籍俘虏，让他把信给普里阿摩斯送去。就在这个佛律癸亚人刚从希腊人的军营走出去的时候，奥德修斯手下的士兵一拥而上，把他杀死，把信交给了自己的国王。奥德修斯拿起这封信匆匆来到阿伽门农的营帐中。阿伽门农看过信后，立刻将希腊各部分军队的首领召集到自己的营帐中。帕拉墨得斯也应召前来，但他预料不到自己面临着可怕的危险。奥德修斯当着诸位首领，以这封信为证据指控帕拉墨得斯叛变。帕拉墨得斯虽然竭力分辩，试图向众人说明自己从来没有叛变的念头，但只是徒劳而已。在奥德修斯的建议下，众人搜查了帕拉墨得斯的帐篷，结果真的在他的营帐里找到了一袋金子。于是所有人都对帕拉墨得斯是叛徒这件事深信不疑。当即成立了法庭，判处拉墨得斯死刑，处死他的方式就是用石块砸死。清白的帕拉墨得斯被套上了沉重的锁链，带到海边准备行刑。帕拉墨得斯苦苦恳求，向希腊将士解释它的清白，恳求大家不要对他这样一个毫无罪过的人施以如此凶残难堪的死刑，但解释是徒然无功的，没有人愿意再听他这个被扣上叛徒罪名的人的话。帕拉墨得斯临刑时没有发出一声呻吟，更没有抱怨一句，只轻轻向天空这样说道：
“真理啊，我替你感到惋惜，因为你在我之前就已经死亡了。”
这句话一说完，希腊最高尚、最英明的英雄就死去了，无论他为希腊人提供了多么多、多么重大的帮助，也不能将他挽救。不久后，希腊人就为杀死帕拉墨得斯付出了惨痛的代价。优卑亚国王瑙普利俄斯——帕拉墨得斯的父亲为儿子的惨死报复了希腊人。
阿伽门农痛恨叛徒，所以在处死帕拉墨得斯以后，还要让他的灵魂四处漂泊，永远无法安宁。他不准别人安葬帕拉墨得斯，将他的尸首暴尸于海岸，以便让凶禽猛兽前来撕食。不过大埃阿斯实在不忍心，他不相信帕拉墨得斯会叛变，于是为帕拉墨得斯举行了隆重的葬礼，将帕拉墨得斯体面地安葬了。
阿喀琉斯和阿伽门农不和
希腊军队围攻特洛伊城九年之后，具有决定意义、战况也最激烈的第十年来临了。这一年年初，克律塞伊斯的父亲，阿波罗的祭司克律塞斯来到了希腊人的军营。他来到所有希腊将士面前，先恳求他们的首领，把他的女儿克律塞伊斯还给她，他愿为此支付巨额赎金。众人被克律塞斯的恳求打动了，愿意用克律塞伊斯交换巨额赎金。但是强大的国王阿伽门农却因此勃然大怒，怒气冲冲地叫骂着，发誓绝不归还克律塞伊斯，然后把克律塞斯赶走了。
满怀恐惧地从希腊人的军营离开后，克律塞斯走向海边，他悲愤地站在海边，伸出双手向太阳神阿波罗祷告：
“太阳之神啊，请为你忠实的仆人结束苦恼吧！请你用你的箭向希腊人报仇，好解除我的忧伤和委屈。”
祭司克律塞斯的怨诉传到了阿波罗耳边。阿波罗胸中燃起熊熊怒火，他挎上自己的弓和箭筒，许多金箭在箭筒中威严可怖地震响，他离开光明的奥林匹斯山向这里飞来，向希腊人的军营飞去，他的脸色阴沉，比黑夜更阴暗。当他驰抵阿开亚人的军营前，立即从箭筒中取出一支金箭向军营中射去。阿波罗那银弓的弓弦接连不断地嗡嗡的威严响起，第二支、第三支箭……相继射出。箭如同闪电般，带着死亡的气息朝希腊人的军营中飞去。希腊军队中生出了可怕的疫病，很多希腊将士都倒下了。四处都有葬化的篝火在熊熊的燃烧，希腊人灭亡的时候似乎已经来临了。
瘟疫在军营中整整肆虐了九天。到了第十天，阿喀琉斯向赫拉寻求建议，根据赫拉的旨意，他将所有英雄召集在一起举行公民大会，一起商议一个能让众神开恩对策。等到所有将士到齐之后，阿喀琉斯就发言了，他先对阿伽门农说：
“伟大的阿特柔斯之子，我们必须要返航回故乡去了。现在你看到了，我们的将士不仅死在战场上，而且还会因为瘟疫毙命。我们应当先问问那些先知，他们或许会让我们知道，银弓之神阿波罗是怎样被惹怒了，为什么他要把这可怕的疫病降到我们的军队中来。”
阿喀琉斯的话音才落，曾无数次为希腊人展现了众神旨意的祭司卡尔卡斯就站了起来。他说，他可以将银弓之神发怒的原因告诉大家，只不过有一个条件：阿喀琉斯一定要保证他的安全，令国王阿伽门农不能伤害他。阿喀琉斯向阿波罗发誓，他保证一定会让卡尔卡斯安全。于是卡尔卡斯说出了瘟疫发生的原因：
“神圣的阿波罗发怒的原因是：国王阿伽门农令他的祭司克律塞伊斯受到了侮辱，阿伽门农不仅不答应他以高额赎金赎回女儿的要求，还将克律塞斯驱逐出希腊军营。现在，我们唯一的办法是把黑眼睛的克律塞伊斯还给她父亲，然后还要用一百头公牛给阿波罗献祭，只有这样阿波罗才能宽恕我们。”
卡尔卡斯的这番话令阿伽门农燃起熊熊怒火，他也恨起了阿喀琉斯。但由于要保住整个希腊部队，他知道不能再拒绝把克律塞伊斯还给她父亲，万不得已就只得同意，但是他要求自己独占克律塞伊斯的所有赎金。阿喀琉斯便责骂阿伽门农自私贪财，这让阿伽门农更加生气。他扬言要利用自己的权力，将阿喀琉斯、埃阿斯或者奥德修斯三人中某人应当分得的赎金据为己有。
阿喀琉斯气得破口大骂。说阿伽门农是个奸诈无耻的财迷。他们平时分得的奖赏就从来比不上阿伽门农，现在阿伽门农还要把属于他们的一份夺走。希腊人到此作战并非是为了自己，都是为了帮助阿伽门农和墨涅拉俄斯。要是他还想从自己手中将那些因建立卓著的战功而应得的一份战利品夺走，那还不如回故乡佛提亚去，他们不愿意为了让他增加战利品和珍宝作战。