在河上航行了很久之后，阿耳戈船英雄进入了亚得里亚海，到达了伊吕里亚岸边的时候，海上刮起飓风。狂风掀起排空巨浪，如高山般倾压下来，嘶吼着将阿耳戈号的风帆扯去了。阿耳戈号被巨浪挤压着，不断呻吟，如同一块破木片漂荡在惊涛骇浪中。阿耳戈船英雄被死亡威胁着。就在这时，船尾那块圣橡木传出声音，吩咐阿耳戈船英雄向女巫师喀耳刻乞求帮助，只有她能为伊阿宋和美狄亚洗刷杀害阿布绪耳托斯之罪。阿耳戈船英雄向北方掉转船头，风暴立即平息，这让英雄们明白，正是众神的旨意。
阿耳戈号经过厄里达诺斯河和洛达诺斯河后，进入了第勒尼安海，在海上航行许久，抵达了埃厄忒斯的姐妹喀耳刻居住的神奇海岛，请求喀耳刻为美狄亚和伊阿宋赎罪。喀耳刻先向宙斯献祭，然后用祭品的鲜血将伊阿宋的双手洗净，在祭坛前，她恳请复仇女神饶恕着两个人的罪孽。女巫师喀耳刻看到美狄亚眼中透出的光芒，知道她和自己一样是太阳神赫里阿斯的后裔，就没有拒绝为美狄亚洗清罪过。
在阿耳戈船英雄回程的路上，他们再次经历了无数危难艰险。当他们途经海妖塞壬居住的海岛时，被海妖那充满魔力的歌声迷住，引诱上了岛去。但俄耳甫斯那金竖琴的美妙音乐，和他的歌声共通战胜了海妖歌声中的诱惑。直到最后，阿耳戈船英雄到普兰克泰浮崖旁一个狭窄的海峡时，两侧巨大的山岩在海峡上空连接，形成了一个拱顶。海水在这拱顶下汹涌澎湃，不但形成令人胆战心惊的旋涡，还形成了直逼拱顶的滔天巨浪。为宙斯送神食的鸽群也无法幸免于难，每天都会有一只鸽子在此丧命。阿耳戈船英雄在女神赫拉的帮助下渡过这道难关：赫拉劝说安菲特里忒把普兰克泰浮崖下的浪涛平息，让阿耳戈船英雄安然穿越了海峡。
经过漫长的航行，阿耳戈船英雄终于来到淮阿喀亚人生活的海岛。岛上的国王阿尔喀诺俄斯热情接待了他们。他们刚想在经历了艰险的旅程后好好休息一下，但还不到一天，科尔喀斯人的船队又出现了，他们仍然要将美狄亚带回。阿尔喀诺俄斯连忙从中调停，避免了一场血战。阿尔喀诺俄斯做出了裁决：假如美狄亚没有成为伊阿宋的妻子，她就必须跟科尔喀斯人回去。当天深夜，阿尔喀诺俄斯的妻子阿瑞忒派人把这个消息透露给伊阿宋。伊阿宋和美狄亚连夜举行了婚礼，第二天伊阿宋在所有淮阿喀亚人和科尔喀斯人面前庄严发誓，宣布美狄亚是他的妻子。于是阿尔喀诺俄斯判定，美狄亚应当与她丈夫在一起，没有办法，科尔喀斯人只得一无所获地返回了。
阿耳戈船英雄停留在热情好客的淮阿喀亚人的岛上，歇息了很久，然后继续航行。顺利地航行了很长时间之后，伯罗奔尼撒的海岸在淡蓝色的远方现出了身影。然而海上一股突如其来的旋风，将阿耳戈号卷向外海。阿耳戈号被旋风裹着，在无边无际的茫茫大海上行驶了许久，最终来到一片荒凉的海岸。阿耳戈船英雄对命运感到悲观失望。舵手林叩斯沮丧地坐在船尾，对返回希腊失去了希望。就在英雄们失却了所有力量和勇气，沮丧地徘徊在海岸边的时候，女神们又来了，她们为伊阿宋出主意，告诉她阿耳戈号现在在利比亚，只有等安菲特里忒卸下马车的马以后，阿耳戈船英雄才能把船从泥泞中抬出来，扛在肩头从利比亚沙漠走出去。但阿耳戈船英雄无法预知安菲特里忒何时会将她车上的马卸下来。但海中突然跑上来一匹雪白的马，穿越沙漠飞驰而去。阿耳戈船英雄明白，这正是是安菲特里忒从车上卸下的那匹马。于是英雄们将阿耳戈号扛在肩上，顶着烈日炎炎，忍受着饥渴的折磨，在沙漠中行走了整整十二天，终于来到赫斯珀里得斯姐妹居住的国家。在赫斯珀里得斯姐妹的指点下，英雄们由赫拉克勒斯从山岩上凿出泉眼。泉水使得英雄们解了渴，他们将泉水带上，踏上了回乡之旅。但阿耳戈船英雄无法找到出海的通道，因为他们所处的地方并非大海，而是特里同一处湖泊。在俄耳甫斯的建议下英雄们向湖神敬献三脚供桌，一位英俊的青年立刻出现在英雄们面前。为了表示自己的热情好客，他给了英雄欧斐摩斯一块泥土，然后又给阿耳戈船英雄指明了出海的通道。然后，阿耳戈船英雄以一只公羊献祭。湖神特里同亲自指引他们绕过了白色岩礁，安全冲出旋涡，进入了宽阔的大海。后来，英雄们抵达了克里特岛，打算在岛上补充淡水，好继续航行。但雷神宙斯赐予弥诺斯的青铜巨人塔罗斯巡视全岛，守卫着弥诺斯的领地，所以禁止他们登岸。美狄亚只好用巫术将塔罗斯催眠。于是塔罗斯身上一枚用来堵血管的铜钉掉了下来，血液如同熔化的铅水般在地上流动，巨人死掉了。阿耳戈船英雄能够放心大胆地靠岸停船，补充淡水了。
当英雄从克里特岛返回希腊时，欧斐摩斯把特里同送出的泥块丢入大海，变成了一个岛屿，阿耳戈船英雄将它命名为卡利斯忒岛，欧斐摩斯的后代就在这个岛上居住，于是改名为斐拉岛。
后来阿耳戈船英雄又遇到了一场海上风暴。风暴在漆黑的夜里肆虐，阿耳戈船英雄随时都可能触礁沉没，或在海岸山岩上撞得粉身碎骨，他们被吓得魂飞魄散。阿波罗在海空接连射出金箭，耀眼的光芒将四周照亮，为阿耳戈船英雄照亮前路。等他们把船停在阿那斐岛，等待一段时间后，风暴终于停息，并且顺风刮起。阿耳戈号平稳地行驶在蔚蓝的大海上。此后再未遇到艰险，终于回到了日夜盼望的伊俄尔科斯港口。
阿耳戈船英雄一到伊俄尔科斯，就向曾帮助他们脱离旅途艰险的众神献上了大量祭品。伊俄尔科斯全城上下欢欣鼓舞，为阿耳戈船英雄的归来举行庆祝，为阿耳戈船英雄和首领伊阿宋取回了金羊毛高声赞颂。
珀利阿斯之死
珀利阿斯耍赖不履行诺言，不肯交还给伊阿宋由祖先那里继承的权力。伊阿宋无法忍受这种屈辱，发誓要报复珀利阿斯。美狄亚希望协助他。不久，就找到了复仇的机会。美狄亚在伊阿宋的请求下，由女神赫卡忒协助，为伊阿宋年迈的父亲埃宋恢复了青春。埃宋原先雪白的头发变黑了，皱纹也都消失了，往常枯槁的脸颊上也重新现出红润。美狄亚利用老埃宋的返老还童，说服珀利阿斯的女儿们劝说父亲也接受这种返老还童之术，为使她们相信自己，美狄亚还找来一只公羊杀死，再扔进煮着草药的铜锅里。这只死了的公羊一扔进去，锅里就跳出一只欢蹦乱跳的小羊羔。这下，珀利阿斯的几个女儿深信不疑，劝说父亲施行了返老还童之术。美狄亚又熬煮了一锅草药，但却不是伊阿宋父亲使用过的那种药。这碗药汁没有任何神奇的功效。美狄亚用巫术把珀利阿斯催眠以后，又把他的女儿们叫到卧室，告诉她们将父亲的喉咙切开，几个女儿在美狄亚的劝说下犹犹豫豫地掉转脑袋，一个接一个挥剑朝父亲砍去了。
受了重伤的珀利阿斯被惊醒了，费力地从床上抬起身子，无力的双手伸向女儿，呻吟道：
“我的女儿们，你们干了些什么啊？到底是什么原因要对你们自己的父亲下毒手？”
珀利阿斯的女儿们吓得呆了，一个个脸色煞白地站在那里，不知道怎么办才好。美狄亚冲到珀利阿斯的床边，举起刀，狠狠刺入他的喉咙，然后又把他的尸体切碎，扔进了沸腾着的大锅中。美狄亚招来一辆由长翼飞龙拉的车子，跳上去，从珀利阿斯那些被吓得手足无措的女儿们眼前消失了。在珀利阿斯死后，他的儿子阿德拉斯托斯举行了一场隆重的葬礼，为了纪念亡人，在葬礼上还举行一场竞技比赛。在这次竞技比赛中，希腊最伟大的一批英雄都参加了，比赛的裁判由赫耳墨斯亲自担任。卡斯托耳、波吕丢刻斯与欧斐摩斯之间进行了一场驾车比赛，阿德墨托斯和摩普索斯进行了拳击比赛，而阿特拉斯和珀琉斯比赛摔跤。伊菲克勒斯得到了赛跑第一。但伊阿宋还是没有得到伊俄尔科斯的统治权。阿德拉斯托斯将伊阿宋和妻子美狄亚驱逐出伊俄尔科斯。于是伊阿宋从祖国离开，带上美狄亚远走科林斯。
伊阿宋之死
伊阿宋和美狄亚因杀死珀利阿斯被逐出伊俄尔科斯后，在科林斯国王克瑞翁那里暂时栖身。在那期间，美狄亚生下两个儿子，似乎即使在异乡，伊阿宋和美狄亚也能过上幸福生活了。但他们命中注定遭遇不幸。伊阿宋被克瑞翁之女格劳刻的美色吸引，背叛了当初在科尔喀斯从美狄亚手中接过神奇的油膏时发下的誓言，也背叛了帮他建立起伟大功勋的恩人。在国王克瑞翁的同意下，伊阿宋决定与格劳刻结婚。
美狄亚仍然一如既往地爱着伊阿宋，当她得知伊阿宋变了心，心中无比悲痛。一味沉浸在悲哀之中，不吃也不喝，并不听安慰。这种悲伤逐渐变成了疯狂的愤怒，美狄亚本就拥有桀骜不驯的性情，她是科尔喀斯国王之女，是光芒四射的太阳神后代，怎么能忍受别人对她这样的侮弄？美狄亚被愤怒控制住了，她将用无比残酷的方式报复伊阿宋！不仅仅是伊阿宋！她还要报复格劳刻，报复国王克瑞翁！
美狄亚在狂怒之下不停地诅咒。她诅咒、咒骂自己的仇敌。就在她下定决心要向伊阿宋报复时。克瑞翁找到了美狄亚。他害怕美狄亚，知道她拥有不可抵挡的巫术，怕她害死女儿，害死自己。要求她立刻离开科林斯。
美狄亚假装服从克瑞翁，同意离开，以赢得复仇的时间。但她苦苦哀求克瑞翁，让她在科林斯多待一天安排去处。克瑞翁被她那可怜兮兮的样子打动了，答应了他的请求，但他没料到，这一次心软为他招来了杀身之祸。他虽然答应了要求，克瑞翁仍然警告美狄亚，要是第二天日出后还在科林斯看到她，就把她和她的两个儿子都杀死。美狄亚假意应允，但丝毫不担心会被处死，反而知道克瑞翁将会命丧黄泉。她早已向女神塞勒涅和自己的保护神赫卡忒立下誓言，要将仇敌置于死地。她，太阳神的后代绝不会成为西叙福斯后裔与伊阿宋的新娘的取笑对象！
而伊阿宋却对美狄亚假惺惺地说，他和格劳刻结婚，完全是为了她和两个儿子的利益，假如再婚之后众神又赐给他儿子，那么现在这两个孩子就能够从异母兄弟那里寻找到依靠。但是美狄亚对伊阿宋的表白再也无法相信，她不住地指责伊阿宋忘恩负义，还用众神的怨怒威胁他，美狄亚再也听不进伊阿宋的任何辩白，虽然她曾如此爱他，为了他抛弃了父母和祖国，还犯下了杀害兄弟的罪过。伊阿宋在美狄亚的讥讽和斥责声中悻悻地走了，身后却依然响起美狄亚的嘲笑。
正巧在这时，雅典国王埃勾斯从得尔福神庙到特洛曾城去，路经科林斯。遇到了美狄亚，向她询问为何忧伤成这个样子。美狄亚向她诉说了自己的不幸，请求雅典国王给她这个被丈夫抛弃了的可怜人提供一块栖身之所，并且向埃勾斯保证，要是他为自己提供了庇护之所，自己就能够用巫术帮助他恢复青春，使他子孙兴旺。埃勾斯答应了美狄亚的条件，向地神盖亚、太阳神赫里阿斯和奥林匹斯众神法誓，绝不会把美狄亚出卖给她的仇敌。但埃勾斯不愿与科林斯国王发生正面冲突，因此美狄亚必须自己设法到雅典去。
找到栖身之所后，美狄亚便开始实施定好的报复计划。她不仅要杀死克瑞翁和他的女儿格劳刻，而且也不打算放过自己和伊阿宋的两个亲生儿子。她先派人叫来伊阿宋。等伊阿宋到来，美狄亚就装出恭顺的样子，假装听天由命，服从了伊阿宋。她说现在唯一的请求就是希望伊阿宋能说服克瑞翁，以便让她的两个儿子能够在科林斯生活。美狄亚哭着将两个儿子拥在怀中，紧紧地搂着儿子，不住地亲吻儿子。她深爱自己的孩子，但强烈的复仇欲望将爱子之情掩盖住了。美狄亚正盘算着杀死格劳刻和克瑞翁呢。她以恳求格劳刻把她的两个儿子留在伊阿宋即将组建的新家庭中为名义，为格劳刻送上一件珍贵的结婚礼服和一顶金丝皇冠。这份礼物正是她死亡的赠礼。格劳刻一穿上礼服，戴好礼冠，浸染在礼服和礼冠上的毒药就深深侵入了她体内，金冠越变越紧，终于像铜箍一样紧紧勒住了她的头颅。礼服灼烧着格劳刻的身体，不断的惨烈折磨终于让她死去了。
这时，国王克瑞翁赶来救助自己的女儿，他紧紧抱住不幸的女儿，但礼服又粘在了他的身上。他将礼服用力从身上扯下去，他礼服已牢牢粘在他身上，一块块皮肉连同在一起被扯了下来。克瑞翁也死掉了。美狄亚站在家门口，听到克瑞翁和格劳刻父女俩惨死的消息，不由得暗自高兴，但美狄亚心中强烈的复仇渴望并没有被他们的死平息，她还要杀死自己的儿子，让伊阿宋被更强烈的痛苦折磨。另外，她知道克瑞翁的亲属不会饶恕她儿子的，不然就无法清算他们母亲所犯的罪行，这个原因也促使她狠下心将儿子杀死。美狄亚匆匆走进屋里，杀死了自己的儿子。当伊阿宋知道妻子美狄亚把克瑞翁和格劳刻杀死后，心中充满了恐惧，他怕克瑞翁的亲属为了报仇而伤害他的儿子，急忙赶回家。但家中大门紧闭，伊阿宋才想破门而入，就见美狄亚坐着太阳神赫里阿斯所派的、由飞龙拉着的金车子在空中出现了，两个儿子躺在她脚边，已经被她亲手杀死了。伊阿宋大吃一惊，不住恳求美狄亚将儿子的尸体留下，让他亲手安葬。但是美狄亚再也不肯怜悯伊阿宋，乘在华美的车子上飞驰而去。
从此以后，伊阿宋再无欢乐。他再也找不到一处栖身之地。有一天，他漂泊到伊斯特摩斯的海岸，看到了被阿耳戈船英雄敬献给海神波塞冬的阿耳戈号。伊阿宋拖着疲乏不堪的身躯，躺到船尾的阴凉里，想要好好休息一下，因为过于疲倦所以睡着了。正在他陷入睡梦中的时候，阿耳戈号那早已朽烂的船尾坍塌了，破烂的船板碎块将熟睡的伊阿宋埋葬了。