但劝说菲罗克忒忒斯就不那么容易了，当初，出征特洛伊城的英雄将他扔到了雷姆诺斯岛附近荒凉的克律塞岛上，这十年来，他孤身一人在一个荒凉的山洞中居住，这个山洞有两个洞口，一个朝东，另一个朝西。冬季，太阳同时从这两个洞口照射进来，把洞内晒暖；到了夏天，风就从这两个洞口中吹进来，将洞中的暑热吹散。虽然住得还算舒适，菲罗克忒忒斯却常常需要挨饿。他只好举起弓箭涉猎野鸽当食物，但是野鸭不多，获取食物非常艰难。而且脚上的伤口总是用疼痛时刻折磨着他，不幸的菲罗克忒忒斯只好勉强移动起脚步到附近取水，要想击石取火就更加困难。就是这样，菲罗克忒忒斯在这荒岛上苦苦忍受着诸般艰难困苦的折磨，足足熬了十年。即使偶尔有船在克律塞岛停靠，也没有人愿意带他回到希腊去。而且菲罗克忒忒斯知道，造成他现在这样苦难的罪魁祸首正是阿特柔斯的两个儿子以及奥德修斯，因此在菲罗克忒忒斯心中怀有对他们的刻骨仇恨。他常常恨不得用箭把他们统统都杀死。
奥德修斯很清楚，要是菲罗克忒忒斯看见自己，自己肯定难逃一死，因此他想了一个计策来劝服菲罗克忒忒斯。奥德修斯叫来年轻的涅俄普托勒摩斯，让他去见菲罗克忒忒斯，假装成自己刚从特洛伊城回来，就说自己痛恨希腊的首领，希腊军队的首领们曾经侮辱他，因此他不愿再围困特洛伊城。这样一来，菲罗克忒忒斯一定会请求涅俄普托勒摩斯带上他，一起回希腊去，如此一来就能够把他连人带弓箭一齐骗上船，神不知鬼不觉地前往特洛伊城。但是涅俄普托勒摩斯不想用这种卑鄙的欺骗手段行事，可是奥德修斯一直劝说他，要他相信唯有这个办法才能将菲罗克忒忒斯骗上船，唯有这样才有可能获得胜利。无奈之下，涅俄普托勒摩斯也就只好答应这么做了。
等到战船来到了克律塞岛，奥德修斯让涅俄普托勒摩斯率领几名亲兵上了岸，到菲罗克忒忒斯生活的山洞中去寻找他。然而这时菲罗克忒忒斯却不在洞中，但是他没一会儿就回来了。
菲罗克忒忒斯不断地呻吟着，回到了山洞，伤口的疼痛仍旧令他时刻忍受着强大的折磨。看到有人来到这里，他很是高兴。而等他知道来的人就是阿喀琉斯之子涅俄普托勒摩斯的时候，就更加喜出望外了。涅俄普托勒摩斯照着奥德修斯教给他说的谎话告诉了这位被苦难折磨的人，然后又告诉他，阿喀琉斯与帕特洛克罗斯和大埃阿斯等人不幸身亡的消息。菲罗克忒忒斯听到他最亲密的几位朋友已经牺牲，心中感到无比的悲痛。他请求涅俄普托勒摩斯把他带回希腊去，还把自己的弓箭交给了阿喀琉斯的儿子，让他替自己保管，嘱咐他千万提防奥德修斯，不要被这个奸诈的人偷走。菲罗克忒忒斯不断地催促涅俄普托勒摩斯赶快起航到希腊去。
这时，一名士兵突然冲进来报告，说英雄福尼克斯和忒修斯的两个儿子已经在朝着这里来的路上了，他们要动用武力，把菲罗克忒忒斯绑到特洛伊城中去。这个消息令菲罗克忒忒斯十分恐惧，几乎要晕倒在地，尽管如此，他仍拖着一条伤腿，向海边匆忙地挪动。涅俄普托勒摩斯看着菲罗克忒忒斯被痛苦折磨得十分悲惨，再也不忍心蒙骗他，便把实情对菲罗克忒忒斯全盘托出，而且还准备把弓箭还给他，而就在这时，奥德修斯从藏身之处冲了出来，拦住了涅俄普托勒摩斯。一见奥德修斯，菲罗克忒忒斯就想转身逃跑，他试图从悬崖顶上跳进大海里，他不愿意帮助与自己不共戴天的仇人奥德修斯和阿特柔斯的儿子们，宁死也不屈服。不过奥德修斯赶忙令手下的士兵将菲罗克忒忒斯抓住，把他押回了战船。菲罗克忒忒斯感到绝望了，而涅俄普托勒摩斯无法忍心看着他继续被折磨下去，就把弓箭还给了这个不幸的人。这样一来，奥德修斯的整个阴谋都破产了，他只得赶快撒腿逃命，他清楚得很，要是赫拉克勒斯的毒箭射中了他，那他一定会死得很痛苦。
而涅俄普托勒摩斯还在试图再次劝说菲罗克忒忒斯，让他同意和自己一起前去特洛伊，以帮助希腊军队将该城攻克。但是菲罗克忒忒斯始终无法原谅阿伽门农、墨涅拉俄斯以及奥德修斯曾给他带来的巨大痛苦，因此断然拒绝了。看来奥德修斯一行人只好无功而返了，他们开始绝望，认为特洛伊城就如同所说的那样永远无法被攻克。
但就在这个时刻，赫拉克勒斯出现了，他全身闪烁着永生神祇的光彩，来到了菲罗克忒忒斯面前。他告诉菲罗克忒忒斯，在特洛伊城下他会遇到一位最伟大的英雄，那位英雄一定会为他治好他那经久不愈的创伤，还发誓他一定会在攻打特洛伊城的战斗中建立起巨大的功绩。菲罗克忒忒斯听从了朋友的建议，自愿登上了仇敌奥德修斯的战船，与他们一同起程到特洛伊去，在那里，伟大的功勋正在等待着他去建立。
到达特洛伊城下后，涅俄普托勒摩斯凭借着阿喀琉斯之子那无人能及的力量与胆魄，建立了许多卓著的功绩。很多特洛伊英雄都被涅俄普托勒摩斯杀死了。在一场惨烈的决战中，他杀死了赫拉克勒斯的后代——忒勒福斯之子欧律皮罗斯。欧律皮罗斯如神祇般英俊，在门农死后，他就是特洛伊城最英勇的守卫者。
另一方面，菲罗克忒忒斯来到了特洛伊城下，没有多久，就用箭把引起特洛伊战争的罪魁祸首——帕里斯射伤了。因为菲罗克忒忒斯射出的正是赫拉克勒斯留下来的毒箭，所以帕里斯所受的箭伤无法医治，箭头的毒汁侵入了他的肌体，并且日益深重，他整日被巨大的痛苦折磨着，离开特洛伊城，进入了自己还是个普通的牧人时，无忧无虑地生活过的森林里，在受尽痛苦的折磨后死在了森林里。后来，牧人们发现了他的尸体，他们为这位昔日伙伴的死亡失声痛哭。他们堆起巨大的篝火，把帕里斯的尸体放在篝火上焚化了。牧人们把他的骨灰收集起来，装进了罐子中，埋入坟墓。
虽然希腊军队又得到英雄的相助，但是一直没能够用武力将特洛伊城攻克。于是奥德修斯决定乔装改变，冒险潜入城中。他先举起鞭子在自己的脸上抽打，让自己变得面目全非，就连最亲近的人也无法将他辨认出来。然后换上了一身破衣烂衫，假扮成一个乞丐，偷偷潜入特洛伊城，准备探听特洛伊人的下一步行动。特洛伊人看到奥德修斯，还以为这只是个可怜的老乞丐，然而海伦却认出了他的身份。海伦将他领回到了自己家中，为他把身体清洗干净，还发誓绝对不会把他的真实身份向特洛伊人透露。奥德修斯偷偷地在特洛伊城中大厅寻访，没过多久就把一切都打听清楚了，然后又杀死了很多守城的卫兵，顺利地回到了希腊军营。之后奥德修斯又与狄俄墨得斯一起，共同进行了一次更大的冒险：两人偷偷潜入特洛伊城，来到雅典娜的神庙里。看见神殿中矗立着的一尊天神赐予的护城木雕神像。而正是因为这尊神像在特洛伊城里，所以希腊人才无论如何都无法攻克特洛伊城。然后，这两位英勇无畏的英雄冒着巨大的危险把神像偷走了。他们返回的途中杀死了很多特洛伊人，最后两人回到了军营。
木马屠城
护城神像被希腊人偷到手后，但是希腊军队仍然无法攻破特洛伊城墙。狡猾的奥德修斯想出了一条计策，他建议希腊人智取。他对希腊人说，众人建造一匹木马，这不是普通的马，而是一匹能够能在马腹中藏起很多强健英雄的巨大木马。而另外的希腊军队就统统从特洛伊海岸上撤离，造成败兵回国的假象，但却是偷偷躲到忒涅多斯岛的背面去。等特洛伊人把木马拖入到城中后，藏在马腹内的英雄就趁着深夜，偷偷从马腹中溜出来，再帮助秘密返回的希腊大军将特洛伊城的大门打开。奥德修斯非常肯定，这种方法一定可以夺取特洛伊城。
祭司卡尔卡斯因为看到过宙斯降下的征兆，因此也劝说希腊人采用这个计策。于是希腊人开始着手准备。女神雅典娜帮助著名画师厄珀俄斯以及他的徒弟一同设计出了巨大的木马，在希腊将士的共同努力下，一匹巨大的木马建造起来了。以涅俄普托勒摩斯和菲罗克忒忒斯为首，其他几位英雄，如墨涅拉俄斯、伊多墨纽斯以及狄俄墨得斯、小埃阿斯、墨里俄涅斯和奥德修斯等英雄统统钻到了木马里面。木马的肚子里挤满了全副武装的勇士。而厄珀俄斯等到这些英雄进入马腹之后，就把入口封好，严严密密地遮蔽起来，没有人能看得出这里有开口，也就更加想不到在马腹内竟会藏有众多的勇士。完成以后，希腊人就把军营里所有的建筑烧毁殆尽，然后大军就登上了战船，离岸向外海驶去。
特洛伊人战在高高的城墙上，看着希腊将士们不停地四处走动，不一会儿还从希腊的军营生起滚滚浓烟，战船也开走了。一开始他们还不敢相信希腊人从特洛伊撤离了。但是后来看到希腊人的军营真的成了空营，特洛伊人终于放心了。他们相信，战争已经结束了，一切灾难都过去了，从今以后，大家就可以在和平的笼罩下一心劳动了。
但是没过多久，特洛伊人就被那个巨大的木马惊呆了。他们仔仔细细地查看木马，却弄不清这奇特的设施到底是为了什么建造的。于是一些人建议把这个东西推到大海里去，但是另一些人认为这是希腊人向众神献祭的祭品，所以应当将它拉回城里，安放到卫城之上。持有两种意见的人们各自争执不休，这时，阿波罗的大祭司拉奥孔发表了自己的意见，他认为这个木马是希腊人的阴谋，在马腹内一定隐藏着危险，不但不能运回城里，并且要把它彻底摧毁。不过众神将特洛伊人的心窍紧紧地蒙住了，他们毫不理会拉奥孔的意见，最终决定把木马运回城里。于是命运的安排很快就要兑现了。
就在原本围绕在木马四周的特洛伊人准备将木马拖进城里的时候，一对牧人押着一名被紧紧捆住的俘虏走来了。这个人是希腊人西农，他是故意自投罗网而来的。特洛伊人将他团团围住，不住地侮弄他，嘲笑他。西农只是默默地在一旁站着，装出胆怯的眼神，眼泪汪汪地打量着四周的特洛伊人。过了好一阵，他才开腔，向周围的人高声抱怨起了自己的命运，他言语悲伤，一边说着一边淌下了眼泪。他悲伤的泪水激起了普里阿摩斯和所有特洛伊人的同情。他们安慰他，详细地盘问他到底是怎么一回事儿。这时候他就将奥德修斯事先给他编好的谎言，一五一十地告诉了特洛伊人。他说，自己原本是伊塔刻国王奥德修斯最记恨的帕拉墨得斯的亲属，因此，奥德修斯一直都在想方设法地陷害他。在希腊人决定不再围攻特洛伊后，奥德修斯对卡尔卡斯花言巧语地述说了一番，让他当着所有希腊人宣示，说只有将西农向众神献祭，希腊人才能够保证顺利地返回故乡。在这样的预言之下，希腊人就把他捆绑起来向祭台押去。但是他在半路上挣断了绳索，从死亡的命运中逃脱了。他躲在茂密的芦苇丛中，一直藏了很长时间，等看到希腊人从特洛伊城撤离，返航回国，才从藏身之处走了出来，自愿被牧人俘虏。普里阿摩斯又详细询问他这个木马是怎么一回事。西农正在等着这个问题。他先向众神发誓，自己所说的句句属实。他说出了一个更加恐怖的谎言：他说，希腊人留下这个木马是为了向战神雅典娜祈求宽恕，因为希腊人曾经将特洛伊城的护城神像偷了出来，这激起了她的怒火。接着西农又告诉特洛伊人，要是特洛伊人把这匹木马拖进城里，那么它就会成为特洛伊城最强大的保卫者。希腊人一番狡猾的谎言取得了特洛伊人的信任，西农巧妙的地完成了奥德修斯给他派定的角色。
为了使特洛伊人对西农说的话坚信不疑，雅典娜又在他们面前行了神迹：她派两条巨大的毒蛇浮出海面，朝岸边飞快地游来，不断扭动的蛇身在浪涛间一圈圈盘旋着，蛇头上高高耸起了血红的肉冠，双眼中冒出强烈的火光。这两条毒蛇上了岸，将拉奥孔的两个儿子紧紧缠住。拉奥孔还想要去救儿子，但就连自己也让这两条巨蛇给缠住了。毒蛇张开嘴，将尖利的毒牙刺入了拉奥孔和他儿子的体内。拉奥孔父子因为违背了神的意志，试图拯救自己的国家，结果却为自己和两个儿子都招来了杀身之祸。咬死拉奥孔父子之后，两条毒蛇就爬走了，钻进雅典娜神像的托板下边消失不见了。
这一下，特洛伊人对西农说的话更相信了。由于木马太大，无法通过城门，因此他们拆毁了一段城墙，把木马运了进去。特洛伊人锣鼓喧天，载歌载舞，找来粗绳将木马紧紧拴住，便朝着城内走去了。经过城墙的豁口时，木马先后四次碰撞在城墙上，停了下来，而躲在马腹内的希腊人的武器不断地碰撞，发出了清晰的鸣响，然而特洛伊人的耳朵被音乐和欢呼声蒙住了，什么都没有听见。他们最后终于把木马拖进了卫城。具有预见未来能力的卡珊德拉见到这匹木马，感到特洛伊城毁灭的日子就要来到了，不过命运早已注定，没有人会相信她的预言。
希腊英雄们藏在马腹内，大气也不敢出，他们竖起耳朵，集中精力倾听着外面传来的每一声动静。海伦在木马外面，模仿起他们妻子的嗓音，不停地呼喊着他们的名字。奥德修斯紧紧捂住身边一位英雄的嘴，才令他没有答话。英雄们听到特洛伊人高声欢呼，听到他们为庆贺战争结束举行了酒会，听到城里四处都在举杯把盏的庆贺。终于，黑夜来临了，一切归于沉寂，特洛伊全城都深深地沉入了梦乡。英雄们听到西农贴着木马悄悄地说话，他来向英雄们报告，现在大家可以走出马腹了。
而在木马被拖入城中的时候，西农就在特洛伊城门前点燃了一堆熊熊燃烧的篝火，这是为了告诉那些在忒涅多斯岛背后隐藏着的希腊人：他们应当立刻赶到特洛伊城来了。在奥德修斯和厄珀俄斯的带领下，马腹里的英雄悄无声息地走了出来，他们小心翼翼，尽量避免弄出什么响声。很快，英雄们就分散到了被美酒和甜梦笼罩起来的城内的每一条大街上，他们点燃火把，将房屋烧着了，冲天的血红火光将整个特洛伊城都照亮了，预示了它行将毁灭的命运。而其他希腊英雄也回到了城下，他们跨过城墙的豁口，冲进了城内。对特洛伊人进行了血腥的屠杀。特洛伊人还沉浸在欢乐的盛宴中，被这样的景象吓得惊慌失措，随手抄起家什进行自卫。但是再也没有用了，特洛伊人民就这样纷纷倒在了希腊英雄的长枪和利剑下。就连老国王普里阿摩斯以及他的妻子和众多的儿女也无一幸免，纷纷倒在了国土四周。墨涅拉俄斯冲入宫中将还在熟睡的得伊福玻斯杀死了，而海伦就躺在他身边——在帕里斯死后，海伦与他结婚了。墨涅拉俄斯杀红了眼，看着海伦，心中无比愤怒，举手就要将她也杀死，但是被阿伽门农阻止了。女神阿佛洛狄忒一见，急忙在墨涅拉俄斯胸中重新唤起了他对海伦的爱情，然后，他便愉快地带着海伦回到了自己的战船。
而普里阿摩斯那个可以预知未来的女儿卡珊德拉，躲进雅典娜神庙，寻求女神保护。但是小埃阿斯发现了她。粗暴地将卡珊德拉连同雅典娜的神像一同摔倒了地上，把神像和卡珊德拉一同打碎了。从此小埃阿斯激起了希腊将士的痛恨，女神雅典娜也十分恨他，后来她对小埃阿斯实施了残酷的报复。
在所有特洛伊英雄中，得以幸免于难的只有两个人，一个是埃涅阿斯，他在年老的父亲安喀塞斯不知情的情况下，带着年幼的儿子阿斯卡尼俄斯，偷偷逃出了特洛伊城。另一个就是安忒诺耳。因为他自始至终都主张特洛伊人把拥有非凡美貌的海伦，以及被帕里斯偷走的墨涅拉俄斯的珍宝归还希腊人，所以希腊人宽恕了他。
特洛伊城的大火久久地延烧着。熊熊火光和滚滚浓烟直冲上云天。奥林匹斯山众神也因伟大的特洛伊城的毁灭而万分悲痛。特洛伊城的大火将整个天空都映得通红，周围的人民知道，长期以来都作为亚细亚最强大的城邦而存在的特洛伊城，如今已经覆灭了。