他被派去南京担任兵部尚书，把北京已经完善的五院制度，在南京推行下去。

通政使一职，朱由检属意杨所修担任。这个人之前就是因为被阉党廷推为南京通政使，选择反水投靠皇帝。

他也可以说是铁杆帝党，是朱由检的一把利刃。

但是这个任命，遇到的阻力很大。因为杨所修不但东林党不待见，阉党余孽也不待见他。

最终还是在朱由检的强推下，他才被推举为通政使，成为九卿之一。

杨所修对此感激涕零，更加清楚地知道，自己必须忠心皇帝。

五院剩下的理藩院，完全由朱由检任命，他选择黄立极担任掌院，孔贞运担任内藩部长、曹思诚担任外交部长，一同协理理藩院。

外藩部长周永春、宗正寺右少卿曾楚卿，同样也属于理藩院大臣。

至此，京城五院大臣，已经完全任命。

南京朝廷的很多官员，被充实到北京任职。

朱由检因此又对南京朝廷进行大规模调整，补充空缺官员。

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最重要的南京兵部尚书，朱由检选择了吕图南担任。用这个九卿中的帝党，加强对南京的控制。

他还被任命为南京枢密院佥事，负责南京朝廷的五院组建。

南京兵部右侍郎孙居相，这次被转任南京户部左侍郎。

他空出来的职位，被朱由检任命傅振商担任。

此人是群臣推举出的人才，曾任南赣巡抚，以“知兵善谋”闻名朝野。朱由检想在南京兵部的职位上，看看这个人的能力。

南京吏部尚书孙慎行，是红丸案的发起者，也是当前最有威望的东林党人之一。

朱由检之所以同意起复他，是看重他开国功臣后裔的身份。

孙慎行的祖先，是配享太庙的燕山忠愍侯孙兴祖。孙兴祖之子孙恪，还因为捕鱼儿海之功被封全宁侯，后来被蓝玉牵连而死。

如今朱由检给蓝玉案平反，并且给列入功臣庙的功臣后裔尽皆授予海外伯爵爵位。当然要抬出个代表，表明自己的诚意。

孙慎行因此被起复，在红丸案被重新定性后，朱由检把他列为南京官员候选，他被廷推为南京吏部尚书。

南京吏部左侍郎林欲楫，这次被提升为南京户部尚书。朱由检想要再看一下，这位翰林院出身的官员有没有干才。