正式定称为十六卫。其中的十二卫为府兵的领导机构:左右卫、左右骁卫、左右武卫、左右威卫、左右领军卫和左右金吾卫。又在全国范围设置折冲府，十二卫遥领天下六百五十七个折冲府，分领诸军府到长安上番宿卫的府兵，居中御外，卫戍京师，是府兵和禁军的合一。

十六卫另外四卫是左右监门卫和左右千牛卫。左右监门卫掌诸门禁卫，左右千牛卫统率千牛备身等为皇帝侍从、仪卫。

十二卫府兵大将军如下：左卫大将军，朱德裕。

右卫大将军，张坚。

左骁卫大将军，于仲亨。

右骁卫大将军，徐乾德。

左武卫大将军，李长恭。

右武卫大将军，谢叔方。

左威卫大将军，张谨。

右威卫大将军，程知节。

左领军卫大将军，宇文萧。

右领军卫大将军，薛安都。

左金吾卫大将军，窦琮。

右金吾卫大将军，李珩。

左右监门卫和左右千牛卫四名大将军仍旧是韩全、王佛保、段武达、尉迟敬德四人。

从而保证自己对军队拥有绝对的控制。

又设置六大都护府，西域、岭南、陇右、辽东、北庭、安西。

以岭南豪族首领冯盎任岭南大都护，薛万彻为陇右大都护，李药师为辽东大都护，李肃为安西大都护，李沧为北庭大都护，罗士襄为西域大都护。

又将天策府裁撤，诸军皆隶属于北衙，保留“神策”“天武”“背嵬”“神武”“骁果”“捧日”六个军号，共三万人。设统军总管，位比大将军，北衙禁军。

神策军总管张琼，天武军总管傅惟学，背嵬军总管王杰，骁果军总管裴行严，捧日军总管羊献果，神武军总管娄浚。

以慕容三藏为西兖州都督，李大目为青州都督，黄君汉为荆州都督，李承安为扬州都督，李延宗为夏州都督，薛仁美为东兖州都督。侯浚为北豫州都督。

兴明二年，改封蜀王李承乾为秦王，封太宗子李承治为蜀王，世祖子李承泽为晋王。并高祖之子六人，皆为亲王。

并设宗学，诸子弟都要学习典章制度，经史礼法，武艺骑射。