四月，遥拜大司马兼幽州牧刘虞为太傅，然而道路断绝，诏书不至。

六月，长安朝廷派出韩融为首的使者团，分为两路，试图劝袁绍、袁术罢兵，二袁不听。

酸枣联军在曹操、鲍信等人带领下，试图占领成皋县，董卓派徐荣率军迎战，在荥阳汴水旁大败联军。

十一月，董卓率军渡过孟津，击败河内太守王匡军。

此时，孙坚领荆州、豫州军北上雒阳，在梁县东，被徐荣击败。

初平二年（191年），孙坚再次率军北上，董卓派胡轸、吕布迎战，在阳人聚被孙坚击败。

二月十二日，董卓指使长安朝廷派光禄勋宣璠持节至雒阳封自己为太师，地位高于各刘姓诸侯王。

董卓派李傕前来劝降孙坚，被孙坚严词拒绝。

随后，他让女婿牛辅派遣至中牟与朱儁交战，击破朱儁后，又派军队袭击颍川郡阳城县，屠杀正在举办“二月社”的百姓，对外宣称是剿灭叛贼得胜归来，把劫掠来的女人分给士兵，甚至董卓还强暴公主、宫女等后宫女子。

孙坚率军抵达大谷关，距离雒阳九十里地，董卓亲自率军与其交战，败走长安，孙坚得以入雒阳。

董卓留下牛辅、李傕、郭汜、张济、董越等人布防在三辅各地，阻挡孙坚继续西进。

初平二年（191年）四月，董卓入长安。

入城时，他故意命令御史中丞皇甫嵩跪拜迎接，以达到羞辱的目的。

董卓乘坐青盖金华车，爪画两轓，时人号曰“竿摩车”。

又封其弟董旻为左将军，侄子董璜为侍中、中军校尉，宗族内外都入朝为官。

公卿大臣拜见董卓，都需要下车跪拜，而董卓不需要回礼。

朝廷各要职部门都需要到董卓的太师府汇报工作。

董卓的幕僚为了讨好他，提出董卓可比姜尚，可称“尚父”。

董卓向蔡邕求教，蔡邕则劝说董卓需要等到平定叛乱，返回雒阳后才能讨论，董卓听从。

董卓在长安城东修筑堡垒居住，又在郿县修筑坞堡，里面存放大量搜刮来的财物，并有三十年粮食储备。

董卓自己说：“我平定关东后，即雄踞天下，失败了，我也能守在郿坞活到老。”

某日，董卓要去郿坞，公卿大臣到长安城横门外为其送行，董卓设宴款待众人，却在宴席上将数百名诱降来的北地郡叛军士兵虐杀，宴会上的人吓得勺子、筷子都掉了，而董卓却饮食自若。