第十二次黑暗远征，亦称哥特战争，是一场吞没了整个哥特星区的作战，其由阿巴顿发动，规模庞大。该战争由数以百计的行星入侵及舰队作战构成，直至帝国援军抵达并将阿巴顿逼回虚空后，战争才告终结。有数个行星以及六分之四的黑石要塞被目击到遭到摧毁，数以千亿计的帝国公民死亡。

战争前奏

在139年的早期，帝国海军侦查护卫舰“主权号“收到了一条难以辨认的求救信息，发送自阿克斯(Arx)站点的老星语者。显示其遭到不明攻击者攻击，当援军在四个月后抵达时，驻扎在该星球的帝国卫队士兵已经被消灭殆尽了，而他们的尸体则被极其可怖的切成了碎块。审判庭派出了经验丰富的霍斯特审判官前去阿克斯调查此事，但在哪里并没有什么证据供他去了解到底发生了什么。

而仅仅就在阿克斯袭击的不久之后，数支侦察队在雅典娜星区有了一个可怕的发现。许多帝国商人的星舰及战舰被发现在太空中无人控制的四处飘荡着。当登舰队抵达后，才发现这些舰艇上面的乘员已经全部死亡，布满了走道的尸体上长出了可怕的病菌，有不少还留在自己的岗位上。一条流言开始在星域中的帝国海军的舰船里流传，称这些袭击是由混沌战舰瘟疫之爪----一条将自己的躯体及灵魂献与纳垢的古老舰船所发动。审判官霍斯特开始确信混沌势力准备发动一次黑暗远征以对抗帝国。卡迪安之门周遭的观察哨开始进入高度警备状态，整个萌龙星域的帝国海军战舰被调集起来保卫卡迪亚附近的空域。渐渐地，零散的关于异常现象及混沌舰船的报告变得频繁起来。

阿克斯袭击的三年之后，一场规模巨大的亚空间风暴吞没了整个哥特星区，将哥特舰队的战舰与帝国其他地区的联系切断。不论这些哥特星区的舰队将遭遇什么，现在开始他们都只能独自面对。

入侵开始

处在亚空间风暴所导致的隔绝之中，在143年混沌势力发动了一次针对哥特星区帝国海军基地的大规模袭击。战舰在船坞里遭到攻击，帝国海军根本就没有预料到这次突袭，因而蒙受了巨大的损失，许多轨道站落入混沌之手。不过，混沌也并未达成完全的胜利，在欧诺拉，由于该处的帝国军队保持着对叛乱的高度警惕，因而得以避开了混沌舰队一开始的鱼雷齐射紧接着开始还击，并击退了几乎所有的混沌攻击者。同时，混沌舰队亦在这个区域遇到了兽人掠夺者的麻烦，它们隐藏在密集的小行星带中并随意伏击靠近的舰队。

混沌初期的攻击亦针对了整个哥特星区中重要的机械神教基地及铸造世界，这些基地中有六个保有着强大的黑石要塞轨道防御站。当由二十艘混沌战舰组成的舰队淹没了雷柏星区并在一个黑石要塞的动力系统神秘失灵后将其俘获时，混沌的首要目标是这些要塞便已明确万分。对帝国而言更加灾难性的打击发生在萨瓦文，一个帝国国教的教会世界。在那里，阿巴顿将他的终极兵器公诸于世：一条巨大的被直接称为“行星杀手”的战舰。这条战舰环绕在萨瓦文的轨道上并且依靠着它那威力巨大的主炮仅仅一次炮击便将这个世界连同上面的140亿帝国公民一起轰成了碎块，这对帝国的士气造成了毁灭性的打击。依然在这个区域调查混沌活动的审判官霍斯特意识到，混沌是依靠数年前在哥特星区夺走的两件古代遗物：黑暗之手与暗夜之眼来运作这条战舰的。

除了这些这些灾难之外，指挥着整个哥特星区全部帝国海军舰船的冯?卢万斯伯格高阶提督还面临着更多的问题，灵族海盗从他们的藏身之地频繁出击四处袭击帝国的航运。追踪这些高速而又难以捉摸的灵族舰只进而寻找其驻地是不可能的，卢万斯伯格对此无能为力只能交由个人战斗团体的领导去思考解决方案。除了灵族，卢万斯伯格还要面对由兽人及人类海盗造成的不断增加的掠夺行为。因此帝国舰队事实上面临着两个敌人，混沌以及各种各样种族的海盗。帝国军队在四面八方陷入防御并蒙受着巨大的损失，人类帝国在哥特星区的情况在快速的恶化。

战争持续

在行星杀手的威胁之下，次级星区一个接着一个地屈服于混沌。在路基塔星系，情况更加恶化，阿巴顿的舰队对环绕在轨道上的一个机械神教设备发动攻击以夺取另一个黑石要塞。在弗拉里斯二号，那另一个黑石要塞停放的地点，阿巴顿的两个黑石要塞展露了他们的终极兵器：将二者的能源连接起来，发射一发猛烈的爆炸以将整个世界上的生命消灭殆尽。伴随着弗拉里斯二号的毁灭，阿巴顿获得了第三个黑石要塞。

在144年整个哥特星区都遭到了攻击，尽管帝国舰只绝望的战斗着试图击退混沌部队，但在147年整个利萨代斯次星区仍完全被混沌所控制。然而在独眼巨人区，得亏于兽人海盗袭击混沌舰船的行为，帝国才得以获得一丝苟延之地。不过，就在帝国海军与混沌军队死斗之时，舰队提督莫恩达科在对抗灵族与人类海盗的作战中取得了巨大的成就，通过对巴尔巴鲁斯湾海盗港口的打击，海盗被全数歼灭，帝国海军得以再一次腾出手来全力应对混沌。

阿巴顿亦派出瓦斯塔克尔?克雷率领50名混沌终结者发动了一次针对克莱利亚巢都世界的进攻。部队被直接传送到了克莱利亚世界的首府帕特利修巢都，数千名赶来防卫帕特利修巢都的行星防卫军士兵遭到了黑色军团的终结者们的屠杀。而当行星防卫军的部队最终到达巢都内部时，他们才发现终结者早已离去。有数千人在睡梦中被杀，但帝国总督和他的贴身顾问们却和终结者们一道消失的无影无踪，再没有人知晓克莱利亚的帝国总督发生了什么。

帝国反击

尽管混沌舰队在哥特星区的实力远比帝国舰队更加强大，但提督卢万斯伯格很清楚他们被分成了许多更小的战斗组。利用对手这一弱点，提督卢万斯伯格希望压上哥特舰队全部的实力用来对付每一个混沌舰队，从而慢慢的将其从星区中驱逐出去。在151年，卢万斯伯格找到了第一个可以将他的计划付诸实践的真正机会----帝国侦察兵发现了一支混沌舰队进入了克西玛尼星系。卢万斯伯格亲率17艘主力舰及20艘护航舰前往那里在战斗中，混沌的部队被撕裂，随后异端战帅下令舰队撤退，但却发现他的后方遭到了不知从何方突然出现的灵族舰队的袭击。在两只军队的夹击之下，混沌舰队被彻底的消灭了，帝国收获了其自开战以来第一场伟大的胜利。就在帝国开始反击的同一年，围困了哥特星区近十年的亚空间风暴最终消退，得益于此，其周边星区得以派出援军。由于面临着战败的可能，阿巴顿陷入了狂暴之中，并率领着他的三个黑石要塞对塔兰蒂斯星系发动了一次猛烈地进攻，阿巴顿的黑石要塞们直接射击了该星系的恒星并将其化为了一颗超新星，通过此一举击杀了数千亿的帝国公民

然而帝国及灵族军队相信阿巴顿将会对一个仍在帝国手中的黑石要塞再度发动一次攻势。多亏了灵族侦查部队的帮助，他们得以发现掠夺者的目标是夺取环绕在辛德莱盖斯特的黑石要塞。通过古老的灵族网道科技，帝国和灵族联合舰队快速抵达了辛德莱盖斯特星系并制定了对付接近中的混沌舰队的周密计划。尽管阿巴顿中了埋伏，但混沌军队的数量仍远超他们的对手。战斗持续了三天，两支主力舰队的战斗横跨了整个星系，但混沌舰队拼尽全力都无法击败部署完备的对手。阿巴顿决定动用他的王牌并派出了他的黑石要塞前去摧毁辛德莱盖斯特星系的恒星，就像他在塔兰蒂斯所做过的一样。但这一次，他们失败了，英勇的阿布雷达尔(Abridal)舰长率领着他的战舰一头冲入到交织在一起的能量波之中。尽管他自己被烧成了灰，但这一举动也扰乱了黑石要塞的能量流导致其需要更多时间才能开火。面临着虚弱化的黑石要塞随时可能被摧毁的风险，阿巴顿拖拽着他的两个黑石要塞撤退了。帝国军队接近了第三个，攻击由两条救赎天使星际战士战团的打击巡洋舰所引导。然而当救赎天使星际战士登舰后才发现，第三个黑石要塞之中没有任何乘员的踪迹或是抵抗。更加神秘的是，这第三个黑石要塞和哥特星区中其他所有剩余的黑石要塞一道自毁了，原因至今不明。

不过阿巴顿的离去并没有加速哥特战争尾声的到来。帝国及灵族军队追逐着试图逃入恐惧之眼的混沌舰队并有条不紊的摧毁了其中的许多。但也有一些小的混沌舰帮决定不撤退而选择留下来劫掠那些偏远的世界或是前哨站，而一旦大量帝国舰队抵达他们便立刻逃之夭夭。在这些混沌劫掠者被解决之前，他们的掠夺持续了将近两年时间。随着混沌对哥特星区的控制被打破，帝国海军也终于得以再一次集中全力解决这一地区日益壮大的海盗势力，在此之前这些海盗及叛徒奴役了数个世界上百万计的人们。至此，持续了二十年的哥特战争终于落下了帷幕。