旗木卡卡西由于先后失去宇智波带土和琳这两位同伴而受到打击，身体和精神都受到连续不断的噩梦折磨。第三代火影为了让旗木卡卡西摆脱这种状态而让他加入暗部，至此，旗木卡卡西开始了他的暗部生涯。

在旗木卡卡西晋升暗部之际，波风波风水门与第三代火影猿飞日斩两人商量好为了消除旗木卡卡西心中的黑暗，安排旗木卡卡西看护即将分娩的漩涡玖辛奈，旗木卡卡西顺利的完成了任务。

在九尾人柱力漩涡玖辛奈即将进入分娩期，三代火影为防止意外而加强了医院的防守，然而宇智波带土瞄准这个封印减弱的机会趁机潜入木叶。

宇智波带土轻易破解出生地周围的强力结界,抓走玖辛奈。打开封印，用通灵术召唤九尾,以瞳力操纵,让九尾毁灭木叶。

四代目火影对战“宇智波斑”波风水门赶至战场，宇智波带土以“宇智波斑”的身份现身，使用神威来到波风水门的背后抓住波风水门的手臂，企图将波风水门吸去异空间，但被波风水门用飞雷神之术躲过，随后波风水门来到另一个战场，宇智波带土使用神威来到波风水门的面前，随后二人展开对决。

宇智波带土手持锁链企图抓住波风水门，但被波风水门再次用飞雷神躲过，宇智波带土企图攻击波风水门，自以为得手的时候，波风水门通过飞雷神二段使用螺旋丸打伤宇智波带土，紧接着，宇智波带土被波风水门并解除了对九尾的控制，宇智波带土留下忠告并离开村子，最后波风水门与玖辛奈不幸牺牲，九尾事件就此结束。

尽管四代火影成功击退了九尾，但为此付出的牺牲实在太大，紧接着木叶高层与村中的忍者们一起讨论着选择合适的火影继承人。

在会议中，奈良鹿久提出由波风水门的后一代忍者继位，但转寝小春认为他们的经验还不足以领导众人，此时猿飞日斩挺身而出，自愿担此重任，随后得到了木叶高层水户门炎、转寝小春等众人的支持。

志村团藏怀恨在心，他仍旧想要夺取村子的控制权，之后志村团藏利用旗木卡卡西心中的黑暗，诽谤三代火影。

旗木卡卡西陷入了困境，后来旗木卡卡西通过与三代火影的谈话消除了心中的疑惑，也因此使旗木卡卡西明白了志村团藏的阴谋诡计。

之后三代火影召集了全体暗部忍者，三代火影从他们之中，挑选了几个精英忍者作为护卫。陪同三代火影前往大名府接受任命。为了三代火影的安全，由旗木卡卡西变化为三代火影的模样。

而志村团藏趁日斩前往大名府的途中让部下们迅速杀死日斩，在战斗中，根的暗部忍者天藏使用木遁之术贯穿三代火影的身体。

紧接着，三代火影用替身术躲过，紧接着，站在树上的旗木卡卡西使用雷切接连摧毁了天藏的木遁树枝，原本旗木卡卡西能够杀死天藏，但考虑到天藏的木遁忍术以后可能会对村子有所帮助而放过了天藏。

而此时自认为杀死日斩计划成功的志村团藏高兴的坐在火影的座位上。然而，办公室传来了一句:“抱歉，我还没打算将位置让给别人”。

听到三代火影的声音，志村团藏无比震惊，日斩直呼志村团藏是不是没想到他还活着。志村团藏紧张的说没有，并声称自己只是帮助日斩管理政务。

日斩念在志村团藏是自己多年的战友的份上，原谅了志村团藏，并希望志村团藏能够为木叶尽心尽力。因此志村团藏再度企图争夺火影之位的想法也就此落空。

猿飞日斩是忍界史上实际执掌火之国最高权力时间最长的火影，也是最长寿的火影。

不提木叶高层之中的龌龊，宇智波带土和晓组织对木叶造成的伤害还有、致使宇智波灭族

这不仅只有志村团藏的原因，也有宇智波鼬勾结了宇智波带土的结果