推行医疗忍者普及化
级忍术普及化,即忍者学校学生在最后两年可免费学习三个级忍术
白牙自杀,主角试图阻拦,白牙为保护卡卡西仍然选择自杀,临终前托付给主角
三战开始,主角跟随纲手对阵砂忍村,大蛇丸带队对抗雾忍村,自来也带队对抗岩忍村,云忍村尚未全面开战,由奈良鹿久领队龟缩防守。
加藤断战死,纲手得了恐血症,为避免纲手暴露虚实,主角一人打崩三代风影和守鹤,三代风影身受重伤,人柱力身死,守鹤重获自由,几年后重生,后罗砂再度封印。
主角增援大蛇丸,鬼灯满月尚在位,矢仓崭露头角,三尾在大海里战斗力过于强大,两边僵持不下。
岩忍村逐渐压制木叶,此时三代雷影再度偷家,大野木大怒,不惜一切损失诱敌深入,一万忍者轮死三代雷影。
和木叶对峙的艾回村继承雷影的位置,木叶得以喘息,三代土影携大胜之势派队对木叶发起猛攻,波风水门瞬杀五十名上忍,一人击溃千名岩忍,金色闪光之名响彻忍界。
随后神无昆桥战役暴发,波风水门再度完成任务,但是宇智波带土“战死”
雾忍村忍刀七人众去断木叶的后勤线,不幸遇见了凯……最不幸的是遇见了戴,扑街……
悠一扛住了三尾,大蛇丸正面刚赢了鬼灯满月,雾忍村损失虽不大但也明白没有战胜的希望,宣告投降——当然,没有赔偿……
云忍村刚刚完成权力交换,四代雷影急吼吼赶过来被悠一和波风水门击退。
三战结束,三代火影颇感力不从心,决定退位,能够争得本应该是大蛇丸和自来也,两人均退出支持自己的弟子,主角坐拥日向和宇智波家的支持,主角成功上位。
主角改革木叶警备队,所有人都可以进入,同时试图放开对宇智波家出任务的限制,由于团藏的阻挠,宇智波家每年只准有三个毕业的孩子进入小队出村执行任务。
主角和大蛇丸依靠从雾忍村得到的尸体进行实验,血继限界推广开始,只要有足够的功勋,冰遁、爆遁、蜥蜴人三种可以进行兑换。
鸣人出生,带土试图搞事情,被主角制止,还鸣人童年,后来宇智波佐助和波风鸣人还是在一个小队,被主角带出师的卡卡西教导——剑圣卡卡西。