陈默和贝贝联手闯入圣灵教的基地，通过旅途之门强行将唐雅抢回，同时在圣灵教基地，陈默从圣灵教高层的口中得知了“魔皇”的存在。

回到学院后，庄老感知到唐雅的寿命将近，而天魂帝国和星罗帝国已经被日月帝国占据所有领土，宣告灭国。

此前，逃往史莱克城的天魂高层和星罗高层与史莱克海神阁商议之下决定各方派出高手前往日月帝国刺杀日月帝国皇帝徐天然。

分析出计划真相的陈默和霍雨浩急忙前往日月帝国，却发现为时已晚，本体宗主毒不死自爆而死，本体宗宗主毒不死死前将本体宗宗主之位传给霍晴空。

小队其他成员绑架太子徐云涵（霍雨浩儿子），陈默怒斥刺杀小队成员没脑子，绑了人家太子只会让其疯狂，根本无法威胁到徐天然的统治，反而只会让徐天然以“太子被三大帝国余孽绑架”为由，推动日月帝国继续疯狂进攻三大帝国的残存势力。

局势慌乱之际，见众人商量不出对策，陈默一把将孩子抱过，并且交由霍雨浩送回。

送回徐云涵后，霍雨浩继续外出历练，陈默则回到史莱克学院，继续进行军用魂导器的研发。

日月帝国魂导师团潜入斗灵帝国，趁王家盛宴之时刺杀所有王室成员，斗灵皇室覆灭，收到消息的霍雨浩迅速返回史莱克学院，和陈默一同带领新建的史莱克魂导第一师团前往斗灵帝国。

陈默带队击败日月帝国皇龙魂导师团，击毙皇龙魂导师团师团长徐天元。

皇龙魂导师团的覆灭，是日月帝国发动战争以来，第一次被成建制摧毁的师团，由此，陈默和霍雨浩的“史莱克双璧”之名大振。

徐三石在其拥有皇族血统的母亲帮助之下，接任斗灵帝国皇帝，下令听从陈默的决定，全力帮助史莱克学院。

因为陈默早年联合史莱克学院大力推广民用魂导器，所以日月帝国元帅橘子发现自己的攻心之计并不适合在斗罗大陆上使用。

同时，因为橘子的资历极浅，并且“平民皇后”的身份也不能服众，仍有部分日月帝国的将领在见到橘子的攻心之计无效之后，开始了对被占据领土的掠夺，甚至发生屠城事件。

贼过如梳，兵过如篦，旧时官兵害民比盗贼更甚，看着这满目疮痍，橘子也彻底对日月帝国失望。

为摧毁民心所向的史莱克学院，日月帝国包围史莱克，欲摧之，却不料这一切都在陈默的计划之中。

日月帝国包围史莱克之际，天魂帝国和白虎公爵带领残存的精兵，本体宗则在宗主霍晴空和少宗主霍雨浩的号召之下，联合史莱克海神阁和魂导师团发起反击。

同时，一直潜藏于日月帝国的和菜头宣布揭竿而起，带领其这些年笼络的势力开始从日月帝国军团的后方发起反击。

一直留在斗灵帝国帮助徐三石站位脚跟的霍雨浩则和徐三石一同带领先前留在史莱克学院的第一魂导师团发起反包围。

此战，史莱克学院魂导堂秘密研发多年的众多魂导器大放异彩，日月帝国军团和其精锐魂导师团在史莱克学院联合斗罗大陆众多势力的抗击之下被击退。

但是，面对日月帝国的大军压境，此战之激烈导致一直重伤未愈的白虎公爵戴浩终于因伤势加剧，含笑离世，满足地在战场上离去。

唐雅也不顾贝贝阻拦，坚持加入战场，要在自己的最后时刻为斗罗大陆作出最后一点贡献。

战争结束后，唐雅因生命力的彻底消亡而在贝贝的怀中离开了人世，贝贝伤心欲绝。

回归史莱克学院的和菜头向所有人袒露了他的身份，并决定揭竿而起，建立斗罗联邦，一时间，斗罗无数人千呼百应，史莱克学院，本体宗，斗灵帝国最先决定加入联邦。